Фамилия Манырина — женская форма от Манырин, а та образована от прозвища или имени Маныра. Основа здесь — корень «маныр-», который в русских говорах имел несколько значений. В костромских и вятских диалектах «маныра» — это медлительный, копотливый человек, тот, кто делает всё слишком долго и нудно. В других областях слово могло означать «неповоротливый», «увалень». Прозвище Маныра давали человеку с таким характером или походкой — не злому, но раздражающему своей медлительностью.

Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Манырин). Такие фамилии в XVI–XVII веках получали крестьяне и посадские люди на севере России, в Поморье и Приуралье. Фамилия недворянская, без суффикса -ский, что говорит о её происхождении в крестьянской или мещанской среде.

Есть и другая версия, менее вероятная: от тюркского имени Маныр (возможно, искажённое Мансур или Мануйл). Но в русской ономастике фамилия устойчиво связывается именно с диалектным словом. Встречается она редко, в основном в Пермском крае, Кировской области и на Урале — там, где были сильны севернорусские говоры.

Сравните с однокоренными фамилиями: Маныров (та же основа, но суффикс -ов, что характерно для южных регионов), Маныркин (уменьшительно-ласкательная форма). Манырина стоит в этом ряду как самая типичная для северной традиции — с суффиксом -ин, который преобладал в Новгородских и Вятских землях.