Фамилия Манюхин образована от имени или прозвища Манюха. Самая вероятная основа — производная форма церковного имени Эммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». Такие сокращения, как Манюха, возникали в быту естественно: полное имя было длинным, а в повседневной речи его укорачивали, добавляя типичный для русских имен суффикс -юх- (ср. Демьян — Демюха, Илья — Илюха).

Однако есть и вторая версия, которую стоит рассмотреть всерьёз. Манюха могло быть не домашней формой имени, а самостоятельным прозвищем. Его связывают со славянским глаголом «манить» — «звать посулами», «дразнить, обманывать», а также «медлить, мешкать». В этом случае прозвище указывало на черту характера или поведения предка: возможно, он был нерешительным человеком или любил завлекать обещаниями. Такие прозвища по действию — обычное дело в русской антропонимии, и они нередко вытесняли крестильные имена.

Фамилия построена по стандартной модели: основа Манюх- плюс суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?». В буквальном смысле Манюхин — «сын Манюхи». Суффикс -ин в русских фамилиях типичен для основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому форма Манюхин закономерна. Если бы основа оканчивалась на согласный, фамилия звучала бы как Манюхов, но здесь мы видим именно «чей?» вариант.

С точки зрения географии фамилия встречается в центральных областях России и на юге, но без резкой привязки к одному региону. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с такой фамилией, что говорит о её давнем бытовании в непривилегированных сословиях. Дворянских родов Манюхиных в официальных родословных книгах не зафиксировано, так что это фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская.

Из однокоренных фамилий стоит назвать Манюков (с суффиксом -ов) и Манюшин (с другим уменьшительным суффиксом). Все они восходят к одному корню, но различаются по модели образования, что лишний раз подтверждает: народная ономастика не знает единого шаблона, и одна и та же основа могла обрастать разными суффиксами в разных семьях.