Основой фамилии Манюхин послужило церковное имя Эммануил. Скорее всего, Манюха — производная форма имени Эммануил, которое в переводе с древнееврейского означает «с нами Бог». По другой версии, в основе фамилии Манюхин лежит не имя, а прозвище Манюха, этимологически связанное со славянским глаголом «манить» - «звать посулами», «дразнить, обманывать», «ждать, дожидаться» или «мешкать, медлить». Таким образом, это прозвище могло указывать на особенности характера или поведения предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Манюха, со временем получил фамилию Манюхин.