Фамилия Манюхина — женская форма фамилии Манюхин, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем. В основе лежит имя Манюха — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Мануил (церковная форма — Еммануил). В русской народной традиции имя Мануил, пришедшее из древнееврейского («с нами Бог»), часто сокращали до Маня, Манюха, Манюша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манюхин — «сын Манюхи» или «из семьи Манюхи».

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «манюха» могло иметь и самостоятельное, не связанное с крестильным именем значение. В диалектах русского Севера и Сибири «маня» иногда обозначала тихого, медлительного человека или, наоборот, того, кто «манит», привлекает внимание. Однако основная и самая надёжная версия — происхождение от разговорной формы имени Мануил. Мануилы в крестьянской среде встречались нечасто, но фамилия закрепилась именно там, где имя было в ходу: в центральных и северных губерниях России.

Словообразовательная модель простая и типичная для русского ономастикона: суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я. Сравните: Манюха — Манюхин, Гаврюха — Гаврюхин, Петюха — Петюхин. Это одна из самых распространённых моделей для фамилий, образованных от прозвищ или уменьшительных имён. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые образуются от основ на твёрдый согласный, -ин характерен для «мягких» и «женских» основ.

Фамилия Манюхина не принадлежала к дворянским родам — её носителями были в основном крестьяне и мещане. В архивных записях XVII–XVIII веков фамилия встречается в писцовых книгах, но в целом остаётся относительно редкой. Несмотря на библейское происхождение исходного имени, фамилия не получила широкого распространения, что делает каждую её ветвь локально привязанной к определённому региону, чаще всего к Ярославской, Костромской или Вологодской губерниям.