Основой фамилии Малюхин послужило мирское имя Малюха. Скорее всего, мирское имя Малюха было образовано от прилагательного «малый» и указывало на небольшие размеры новорожденного. Таким образом, Малюхой родители называли ребенка, вероятно, желая подчеркнуть миниатюрность своего малыша. В старину подобные имена, восходящие к корню «мал-», были очень распространены в XI-XVI веках среди всех сословий и на всей территории расселения восточных славян. Такие имена продолжали употребляться, даже когда ребенок становился взрослым, а потому закреплялись в фамилиях. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Малюхин лежит прозвище Малюха, которое могли дать невысокому человеку. Так, в Книге памяти Красноярского края записан Малюхин Николай Михайлович из семьи диакона, который родился в 1897 году в Казанской губернии. В Книге памяти Новгородской области упоминается Малюхина Наталья Сергеевна, рожденная в 1876 году в деревне Куканово Новгородской области. А в Книге памяти Краснодарского края есть Малюхина Прасковья Васильевна, которая родилась в 1871 году в станице Зассовская Лабинского района.