Фамилия Малюховы образована от мирского имени или прозвища Малюхо. В основе лежит прилагательное «малый» и его производные: малец, малюта, малява, малёк. Такие имена в древнерусских семьях часто давали младенцу, указывая на его размеры, или позже закрепляли за человеком невысокого роста как прозвище. Фамилия построена по продуктивной модели на -ов, типичной для русских фамилий, и отвечает на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Малюхо.

Интересная деталь — суффикс -юх- в основе. В русских именах и прозвищах он придаёт оттенок уменьшительности или принадлежности к чему-то малому, но не так распространён, как, скажем, -ут- (Малюта) или -яв- (Малява). Поэтому фамилия Малюхов стоит в одном ряду с более редкими однокоренными Малюхин, Малюшкин, но заметно отличается от частотных Малов или Малых.

Время и место возникновения фамилии точно не установлены. Процесс закрепления фамилий шёл несколько столетий, и Малюховы могли появиться в разных регионах независимо друг от друга. Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных областях России, а также на Украине, что неудивительно для прозвищной фамилии от общеславянского корня.