Основой фамилии Малюхов послужило мирское имя Малюхо. Мирское имя Малюхо образовано от аналогичного нарицательного, которое восходит к прилагательному «малый». По традиции в древнерусских семьях ребенка часто называли просто Малец, Малой, Малява, Малюта, Малёк или другим именем, образованным от корня «мал-», которое указывало на размеры новорождённого. Однако не исключено, что в основе фамилии Малюхов лежит прозвище Малюхо, которое получил человек небольшого роста. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюхо, со временем получил фамилию Малюхов.