Фамилия Манжалеева образована от прозвища или имени Манжалей. Скорее всего, основа имеет тюркские корни. По одной из версий, Манжалей — это вариант этнонима «манжули». Так называли часть каракалпаков, входивших в племя ктай. Предок носителей фамилии мог принадлежать к этому народу или жить в среде манжули. Другая версия связывает прозвище с тюркским именем Манджи, которое переводится как «лось». В таком случае Манжалей — это адаптированная на русской почве форма личного имени. Фамилия Манджула, близкая по звучанию, встречается в Запорожском реестре 1756 года, что подтверждает бытование подобных именований в прошлом.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Манжалеев — буквально «сын Манжалея». Со временем потомки человека, которого в округе знали под этим прозвищем или именем, закрепили за собой фамилию Манжалеевы. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским регионам, где исторически были сильны тюркские влияния, а также к областям расселения каракалпаков. Точную сословную принадлежность первых носителей установить сложно: прозвище могли носить как служилые люди, так и крестьяне. Редкий суффиксальный вариант (не на -ов, а на -ев) делает фамилию более заметной на фоне однокоренных, таких как Манжулин или Манджиев.