Фамилия Манжалеевы образована от прозвища или имени Манжалей. Скорее всего, основа тюркская. По одной из версий, прозвище связано со словом «манжули» — так называют каракалпаков из племени ктай. Предок Манжалеевых мог принадлежать к этому народу или жить среди манжули. Другая версия возводит имя Манжалей к тюркскому имени Манджи, которое переводят как «лось». Оба объяснения возможны, но первое выглядит убедительнее, поскольку привязывает фамилию к конкретному этносу и региону — низовьям Сырдарьи и Приаралью, где кочевали каракалпакские племена.

Фамилия Манжалеев встречается и в родственном написании Манджула — она зафиксирована в Запорожском реестре 1756 года. Это подсказывает, что носители прозвища могли оказаться и в среде запорожских казаков, возможно, через выходцев с южных степных границ. В любом случае, фамилия Манжалеевы — памятник восточной культуры, попавший в русскую ономастику через прозвище. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий: Манжалеев — это «сын Манжалея». Окончательно определить точное время и место возникновения фамилии можно только после серьёзных генеалогических изысканий.