Фамилия Манжалеев образовалась от прозвища Манжалей. Скорее всего, у этого прозвища тюркские корни. Одна из версий связывает его со словом «манжули» — так называли каракалпаков, входивших в племя ктай. Основатель рода Манжалеевых мог принадлежать к этому народу или жить по соседству с манжули.

Есть и другая версия: имя Манжалей могло произойти от тюркского имени Манджи. В переводе на русский это имя означает «лось». Такое прозвище могли дать сильному, выносливому человеку или удачливому охотнику. Кстати, фамилия Манджула встречается в Запорожском реестре 1756 года — это косвенно подтверждает, что корень «мандж» бытовал в славяно-тюркском пограничье.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -ей добавили патронимический суффикс -ев (Манжалей → Манжалеев). Такая модель типична для фамилий, возникших на юге России и в казачьих областях, где тюркские прозвища легко обрастали русскими окончаниями. Потомок человека по прозвищу Манжалей со временем получил фамилию Манжалеев.