Фамилия Манжолин — редкий случай, когда основа почти не поддаётся однозначной расшифровке, но сама модель образования говорит о многом. Суффикс -ин указывает на типично русскую форму притяжательного прилагательного: Манжолин — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Манжола. Вопрос упирается в то, что такое «Манжола».

Вероятнее всего, это прозвище связано с диалектным словом «манжол», «манжолить». В южнорусских и украинских говорах «манжолить» означало «мять, комкать, пачкать, делать небрежно». Соответственно, Манжолой могли прозвать неаккуратного человека, который всё делал кое-как, или того, кто постоянно пачкал одежду. Такая версия вполне правдоподобна: прозвища по небрежности или неопрятности (Грязнуха, Неряха, Замарай) в крестьянской среде давали часто, и они легко превращались в фамилии.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским корнем «манжы» — «бисер, мелкие украшения». Тогда Манжолой могли назвать торговца мелкой бижутерией или мастера-ювелира. Но в русской ономастике эта версия слабее, так как фамилия имеет характерный славянский суффикс и не фиксируется в регионах с сильным тюркским влиянием.

Географически фамилия Манжолин встречается точечно — в основном в центральных областях России и на юге, в бывших казачьих землях. Это говорит о том, что она не получила массового распространения и осталась локальной. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ин от прозвищ редко встречаются у дворянства.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Манжолов, Манжулин, Манжос) показывает, что корень «манж» в русских прозвищах почти всегда связан с действием «мять, комкать». Поэтому версия с неаккуратным или небрежным предком остаётся основной.