Фамилия Манжулина — женская форма от Манжулин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Манжула. В основе лежит украинский глагол «маніжити» — «бить», «колотить». Скорее всего, Манжулой называли человека задиристого, агрессивного, любившего распускать руки. Возможно и другое объяснение: прозвище могло относиться к «профессиональным» именованиям, то есть указывать на род занятий. Манжулой могли прозвать кузнеца, молотобойца или любого другого ремесленника, чья работа требовала силы и ударов — например, вальщика леса или плотника. Точную профессию предка сейчас установить невозможно.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Манжулин, то есть сын или потомок Манжулы. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Женская форма Манжулина сохранила ту же основу без изменений.

Есть и альтернативная версия, но она менее правдоподобна: связывают прозвище с литовским manžytis — «жеманиться», «ломаться», «кривляться» или «баловаться». В этом случае характер предка описывался бы как капризный и манерный. Однако географически и исторически связь украинского корня с русской фамилией выглядит убедительнее: фамилия встречается в южнорусских и украинских регионах, где глагол «маніжити» был в ходу.