Фамилия Марахотина — женская форма фамилии Марахотин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени дальнего предка. В основе фамилии лежит слово «марахота» или «марахот», которое в русских говорах имело несколько значений, и разобраться в них — ключ к пониманию того, кем мог быть первый носитель фамилии.

Самая вероятная версия отсылает к диалектному глаголу «марать» и существительному «марахота» — так в некоторых областях называли неопрятного, неряшливого человека, пачкуна. Прозвище Марахота могли дать тому, кто ходил в грязной одежде, не следил за собой или работал с землёй, сажей, краской — например, печнику, маляру или трубочисту. В этом случае фамилия образована по типичной русской модели: прозвище на -ота (ср. «зевота», «ломота») плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «Марахота» → «сын Марахоти» → Марахотин. Суффикс -ин, а не -ов, говорит о том, что основа прозвища оканчивалась на -а или -я, что подтверждает эту версию.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает фамилию с личным именем Марахот — уменьшительной формой от крестильного имени Марк или Маркелл (через народные варианты Марко, Мара). В русской традиции такие «усечённые» имена с суффиксом -от (как Демот от Дементий, Якот от Яков) встречались, но редко. Правдоподобность этой версии ниже: маловероятно, что от имени Марахот образовали бы прозвище Марахота, а затем фамилию, — проще было бы сразу взять форму Марахотов.

Географически фамилия Марахотин (и Марахотина) тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в документах по Вологодской, Костромской, Кировской областям — именно там диалектное слово «марахота» было в ходу. В XIX веке носители фамилии числились в основном среди крестьян и мещан, без ярко выраженной сословной привязки.

Редкий суффикс -ота в основе — деталь, которая отличает эту фамилию от более частых «марающих» однокоренных фамилий вроде Мараев, Маралов, Марычев. Если Мараев происходит от глагола «марать» через имя Марий, то Марахотин напрямую сохранил звучание прозвища с характерным для северных говоров окончанием. Сегодня фамилия встречается нечасто, что делает её одним из тех «говорящих» родовых имён, где прозвище предка почти не изменилось за века.