Фамилия Маракушев — редкий случай в русской ономастике, где за основу взято слово с чётко выраженной отрицательной окраской. В отличие от множества фамилий, образованных от имён или нейтральных прозвищ, здесь в основе лежит древнерусский глагол «маракушить» — говорить путано, невнятно, бормотать. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, обладал невнятной речью или привычкой говорить невпопад. Суффикс -ев указывает на стандартную патронимическую модель: Маракушев буквально означает «сын Маракуша».

Слово «маракуша» в диалектах русского языка имело и другое значение — так называли не только невнятного говорунью, но и человека, который делает что-то кое-как, небрежно, «на маракушку». В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «маракушить» именно в смысле «делать плохо, нерадиво». Таким образом, прозвище Маракуша могло закрепиться за нерадивым работником или ремесленником, чья работа не отличалась качеством. В отличие от фамилий, образованных от профессиональных прозвищ (Кузнецов, Плотников), здесь отражена не специальность, а личная оценка поведения или навыков человека.

Ареал фамилии Маракушев довольно узок. По данным переписей и метрических книг XIX века, она устойчиво встречается в северных и центральных губерниях России — преимущественно в Вологодской, Костромской и Нижегородской. В этих регионах диалектное слово «маракуша» было в ходу, что и объясняет географию фамилии. На юге России и в Сибири она почти не фиксируется, что подтверждает её местное, диалектное происхождение.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: основа Маракуш- плюс типичный русский суффикс -ев. Важно, что это не отчество от канонического имени (в святцах такого имени нет), а именно прозвищная фамилия. В отличие, скажем, от фамилии Маракулин, где суффикс -ин указывает на женскую основу (Маракуля — дочь или жена), Маракушев — чисто мужское прозвище, перешедшее в фамилию без изменений.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Маракушев стоит особняком. Есть фамилия Маракуев, но она восходит к другому корню — «мараковать» (понимать, смекать), что даёт прямо противоположный смысл: Маракуев — это «сын сообразительного». Так что носитель фамилии Маракушев, скорее всего, потомок человека, которого в деревне дразнили за путаную речь или небрежную работу, а не за ум. Это редкий случай, когда фамилия фиксирует скорее недостаток, чем достоинство, что в русской традиции встречается, но нечасто.