Фамилия Маракушина хранит память о прозвище предка — Маракуша. Ономасты сходятся на двух основных версиях происхождения этого прозвища. Первая связывает его с глаголом «мараковать», который в старину имел двойственное значение. С одной стороны, «мараковать» означало «плохо понимать, соображать туго», с другой — «уметь, мочь, быть в состоянии что-то сделать». Выходит, что Маракушей могли прозвать как человека нерасторопного, с трудом усваивающего новое, так и, напротив, умелого мастера с практической смёткой, который «маракует» в своём деле.

Вторая версия отталкивается от глагола «марать». Согласно ей, прозвище Маракуша закрепилось за человеком, чья работа была связана с грязью, сажей или краской: например, за кочегаром, трубочистом или маляром. Обе версии имеют равное право на существование, и без точных данных о конкретном предке выбрать одну из них невозможно.

Фамилия образована по стандартной русской модели с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность: «чей?» — Маракушин, то есть сын, потомок Маракуши. В исторических документах встречается раннее упоминание этой фамилии: в словаре С. Б. Веселовского записан Маракушев Рудный Григорьевич, вторая половина XVI века, Углич. Эта запись — одно из немногих свидетельств бытования прозвища в допетровскую эпоху.

Итак, фамилия Маракушина донесла до нас или характеристику характера предка, или указание на его ремесло. В любом случае, её основа — ёмкое народное прозвище, которое в XVI–XVII веках давали людям с яркой, заметной особенностью.