Фамилия Маракушева — женская форма фамилии Маракушев, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа фамилии оканчивалась на мягкий согласный или шипящий. В данном случае корень «Маракуш-» — это, скорее всего, прозвище или мирское имя, которое давали человеку.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает фамилию с севернорусским диалектным словом «маракуша» — так в Архангельской, Вологодской и Пермской губерниях называли задумчивого, медлительного или нелюдимого человека, «мракушу». Слово родственно глаголу «мараковать» (думать, соображать, иногда — говорить невнятно). Таким образом, Маракушей могли прозвать либо человека с задумчивым характером, либо того, кто говорил неразборчиво, «маракосил». В этом случае фамилия — типичное прозвище по внутреннему качеству, каких много в русском ономастиконе (вспомним фамилии Молчанов, Ворчун, Говорун).

Есть и более редкая, но возможная версия: от глагола «марать» (пачкать). В некоторых говорах «маракуша» — это неопрятный человек, грязнуля. Однако эта гипотеза слабее, так как в диалектных словарях фиксируется именно значение «задумчивый, угрюмый», и оно имеет больше параллелей в соседних фамилиях (Мараков, Мараксин).

Географически фамилия Маракушев (и Маракушева) тяготеет к Русскому Северу и Поволжью. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с таким прозвищем в Вятском крае и на Урале. Это указывает на то, что предки носительницы фамилии были, скорее всего, государственными или монастырскими крестьянами, а не дворянами, — фамилия образовалась в среде, где прозвища давались по бытовым или характерологическим признакам, а не по роду занятий или имени отца.

Словообразовательная модель проста: прозвище Маракуша → притяжательное прилагательное «Маракушев сын» (то есть сын Маракуши) → фамилия Маракушев. Женская форма Маракушева закрепилась как вариант для замужних женщин или дочерей. Других однокоренных фамилий, помимо уже упомянутых Мараков и Мараксин, в русском языке немного, что делает фамилию достаточно редкой и локально привязанной.