Фамилия Марапулец — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней сразу обращает на себя внимание суффикс -ец. В русской ономастике этот суффикс чаще всего указывает на принадлежность к определённой местности (ср. донец — житель Дона, томич — житель Томска, пермяк — житель Перми) или на прозвище по характерному признаку. В случае с Марапулец напрашивается версия, что перед нами прозвание, данное человеку по его поведению или внешности.

Корень «мара-» вызывает ассоциации с глаголом «марать» — пачкать, портить, делать нечистым. Вторая часть «-пул-» менее прозрачна. Возможно, она восходит к диалектному слову «пуля» (в значении «шар», «ком») или к глаголу «пулить» (стрелять, бросать). Тогда «марапула» — это человек, который «марает пули», то есть небрежно стреляет или, в переносном смысле, делает грязную работу, связанную с метанием чего-то. Однако есть и другая версия: «марапул» могло быть прозвищем болтуна или сплетника, где «пуло» (от «пульс», «пульсировать») означало бы «болтовня», а «марать» — «портить» (портить разговоры, врать).

Географически фамилия с таким окончанием характерна для западнорусских и украинско-белорусских регионов, где суффикс -ец встречается чаще, чем в центральной России. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из села или местечка с похожим названием (например, Марапули, Марапулово), но такие топонимы не зафиксированы в известных справочниках. Скорее всего, основа — личное прозвище, а фамилию образовали по модели «прозвище + суффикс принадлежности»: Марапула → Марапулец (сын или внук Марапулы).

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова фамилия не упоминается, что подтверждает её редкость. Если рассматривать альтернативную, менее вероятную версию, можно предположить, что в основе лежит искажённое иностранное слово (например, от итальянского marapullo — «обманщик», но это лишь догадка). Правдоподобнее всего, что Марапулец — это прозвищная фамилия, возникшая в среде крестьян или ремесленников, где «марапулой» могли назвать неряшливого мастера, грязнулю или, наоборот, человека, который «марает» (красит) ткани или кожу — такая профессия (красильщик) была распространена. Суффикс -ец в этом случае выполнял ту же роль, что и в фамилиях Красилец, Стрелец, Кузнец — обозначал лицо по роду деятельности.