Фамилия Мараринов ведёт происхождение от прозвища Марарь. Самая вероятная версия связывает его с румынским словом morar — «мельник». В таком случае прозвище указывало на профессию предка: человека, работавшего на мельнице. Переход румынского o в русское а в первом слоге — результат влияния «акающих» говоров, где безударный о произносится как а. Так morar превратилось в Марарь, а затем легло в основу фамилии.

Фамилия оформлена суффиксом -инов, который в русской ономастике нередко указывает на отчество второго порядка. Схема такая: сначала от имени или прозвища образовывали патроним с суффиксом -ин (Марарин — «сын Мараря»), а затем к нему добавляли ещё один суффикс, получая форму Мараринов — «внук Мараря» или «сын Марарина». Аналогично строились фамилии вроде Иванинов (от Иван) или Мининов (от Мина). Таким образом, носитель фамилии Мараринов — потомок человека, которого в своё время называли Марарь, то есть мельник.

Других убедительных гипотез о происхождении основы нет. Фамилия редкая, её география невелика, а известные носители в открытых источниках практически не представлены.