Фамилия Маргорские — редкий пример, где в основе лежит не мужское имя или прозвище, а женское. Она восходит к имени Маргори, европейскому аналогу Маргариты, которое в переводе с греческого означает «жемчужина». Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия формировалась по модели, типичной для польской, украинской или еврейской ономастики, и могла означать «принадлежащий к роду Маргори» или «выходец из места, связанного с этим именем».

Святая покровительница этого имени — Маргарита Антиохийская, христианская дева, почитаемая в лике великомучениц. В истории её фигура неоднозначна: папа Геласий в 494 году объявил её существование исторически недостоверным, однако в эпоху крестовых походов почитание Маргариты на Западе возобновилось с новой силой. Она вошла в число 14 святых помощников Католической церкви, и, по преданию, являлась Жанне д’Арк. Считалось, что Маргарита покровительствует всем, кто пишет или читает её житие, — это поверье заметно способствовало популярности имени в средневековой Европе.

Фамилия Маргорские, таким образом, не просто называет потомков женщины по имени Маргори, но и несёт отпечаток сложного культурного контекста: от сомнений в историчности святой до её возрождённого культа. Окончательно определить, когда и где именно фамилия закрепилась, можно только по генеалогическим документам, но её форма ясно указывает на европейское, скорее всего восточноевропейское, происхождение.