Фамилия Маргорина — женская форма фамилии Маргорин, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем Маргора. В основе лежит редкий диалектный глагол «маргосить», который в некоторых говорах означал «умильничать, кокетничать, пичужить». С этой точки зрения прозвище Маргора давали человеку с мягким, угодливым характером, тому, кто старался всем понравиться.

Однако у этого прозвища есть и вторая, совершенно иная версия происхождения — мордовская (эрзянская). Она складывается из двух слов: «мар» (куча, груда, а также холм или курган) и «горя» (горе, печаль, скорбь). В этом случае Маргора — не характеристика поведения, а топографическое прозвище: «место, где собрана печаль». Так в эрзянских селениях могли называть человека, чей дом стоял ближе всех к погосту или кладбищу. Эта версия выглядит не менее правдоподобной, чем славянская, и указывает на возможные финно-угорские корни рода.

Суффикс -ин в фамилии Маргорин (а значит, и в Маргорина) — классическая русская модель, указывающая на принадлежность: «чей?» — Маргорин, то есть сын или потомок Маргоры. Фамилия могла закрепиться в центральных или поволжских губерниях, где пересекались славянские и мордовские диалекты. Разные версии корня не противоречат друг другу: они лишь говорят о том, что прозвище было ёмким и могло возникнуть независимо в разных языковых средах.