Фамилия Марговцева — женская форма фамилии Марговцев. В её основе лежит прозвище или мирское имя Марговец, которое, скорее всего, связано с растением маргариткой. В русских говорах «маргариткой» или «марговкой» могли называть не только садовый цветок, но и полевую ромашку, а также переносно — человека маленького роста, хрупкого или, наоборот, нарядного, «цветущего». Прозвища по цветам давали нередко: вспомним фамилии Романов, Васильков, Фиалков — все они из того же ряда.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Суффикс -ец в основе Марговец указывает на лицо — носителя признака («тот, кто связан с маргариткой»). А вот дальнейшее оформление фамилии шло через суффикс -ев (Марговц-ев), а не через более распространённый -ов. Это не ошибка, а следствие того, что основа оканчивается на мягкий согласный «ц» (в косвенных падежах: Марговца — Марговцев). Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ на -ец: Кузнецов (от кузнец), Молодцов, Стрельцов. Фамилия Марговцев стоит в том же ряду, хотя исходное прозвище встречается реже.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским областям, где слово «маргаритка» бытовало в живой речи. В центральных и северных губерниях цветок чаще называли «ромашкой» или «поповником», поэтому там фамилия почти не встречается. Это косвенно указывает, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из Черноземья, Смоленщины или прилегающих территорий.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилии на -ов/-ев в XVII–XIX веках получали в основном податные сословия. Дворянские роды чаще оформлялись через -ский/-цкий или имели иную словообразовательную историю. В данном случае перед нами типичная «цветочная» фамилия, возникшая в народной среде без книжного влияния.

В написании возможна путаница: вариант Марговцев/Марговцева иногда смешивают с Маргаритовым (от имени Маргарита) или Марковцевым (от имени Марк). Но этимологически это разные линии: Марговцев не имеет отношения ни к греческому имени, ни к уменьшительной форме Марк.