Фамилия Маргулян — армянская по форме, но в её основе лежит еврейское женское имя Маргалит (в ашкеназском произношении — Маргулис). С иврита это имя переводится как «жемчуг» или «жемчужина». Таким образом, корень фамилии восходит к драгоценному камню, который в библейской традиции символизирует чистоту и мудрость.

Армянский суффикс -ян (в старой орфографии — -янц) — один из самых распространённых патронимических формантов. Он означает «из рода такого-то» или «принадлежащий к дому». В данном случае Маргулян буквально читается как «из рода Маргули». То есть фамилия закрепилась за потомками женщины по имени Маргулис (Маргалит), что указывает на матрилинейную традицию именования — редкий случай, когда родовое имя берётся от женского, а не мужского предка.

С точки зрения словообразования, фамилия Маргулян стоит в одном ряду с такими армянскими фамилиями, как Аветисян (от Аветис — «благая весть»), Арутюнян (от Арутюн — «воскресение») или Мкртчян (от Мкртич — «креститель»), но с той разницей, что основа здесь не армянского, а еврейского происхождения. Это делает фамилию интересным примером культурного и языкового переноса: еврейское имя попало в армянскую среду, было адаптировано по местным моделям и стало фамилией.

Встречается Маргулян преимущественно среди армян, чьи предки жили на территории бывшей Российской империи и Закавказья. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть в среде горских евреев, которые также носили армянские патронимические суффиксы, но основная версия связывает её именно с армянскими общинами, куда имя Маргулис проникло через торговые или семейные контакты.

Редкий суффикс -улян (вместо обычного -ян) придаёт фамилии дополнительную специфику. В армянской ономастике такой формант иногда указывает на уменьшительно-ласкательную форму исходного имени или на диалектное произношение. Таким образом, Маргулян — не просто «из рода Маргули», а, возможно, «из рода маленькой жемчужины», что добавляет фамилии оттенок теплоты и близости.