Фамилия Магульян — армянская, её основа — имя Магул. Скорее всего, это фонетический вариант имени Макул, которое, в свою очередь, является сокращённой формой от сложного имени Маулябирде. Разбираем его по частям: первая половина восходит к арабскому слову «мауля» — «властелин, повелитель, бог». Вторая часть — древнетюркский глагол «бирде» со значением «давать, дал». Вместе имя Маулябирде означает «данный Аллахом». Так обычно называли долгожданного ребёнка, чаще всего первенца, чьё появление в семье воспринимали как ценный подарок свыше.

Армянский суффикс -ян (в старой орфографии -янц) указывает на принадлежность к роду. Первоначально такие фамилии отвечали на вопрос «из кого?»: Магульян — «из рода Магула». В армянской традиции фамилии такого типа закрепились позже, чем у восточных славян, в основном к XIX веку, когда клановая система уступила место паспортному учёту. Интересно, что в основе лежит не чисто армянский корень, а тюрко-арабское имя, что неудивительно для регионов исторического соседства и взаимодействия народов Закавказья.