Фамилия Магулий — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, зато есть окончание -ий, которое сразу наводит на мысль о польском или украинском влиянии. Если отбросить окончание, получится основа Магул-.

Скорее всего, в основе лежит прозвище или личное имя Магул. В польской и западноукраинской традиции «магуль» или «магула» — это диалектное слово, означающее «холм», «бугор», «возвышенность». Такое прозвище могли дать человеку, жившему на холме или рядом с заметной горой. В польском языке слово «magiel» (от нем. Mangel) — это каток для глажения белья, но оно дало бы другую фамилию (Магель, Магловский). Версия с холмом выглядит убедительнее: географические прозвища часто становились фамилиями в горных районах Карпат.

Вторая версия — от тюркского имени Магул (вариант имени Магуль, Магула). В татарской и башкирской среде есть имя Магул, которое могло попасть в русскую ономастику через смешанные браки или крещение. Но тогда фамилия скорее получила бы русский суффикс (Магулов), а не польский -ий. Поэтому версия с польско-украинским корнем кажется более вероятной.

Суффикс -ий в фамилиях на -улий (сравните: Коваль — Ковалий, Швець — Швеций) характерен для украинской модели образования фамилий от прозвищ или профессий. В польском языке аналогичное окончание -i/-y встречается в фамилиях типа Магули (Maguli), которые при русификации могли получить форму Магулий.

Географически фамилия Магулий встречается в основном на западе Украины и в приграничных районах Польши. В России она крайне редка. Носители могли быть крестьянами или мещанами из Галиции или Волыни, чья фамилия закрепилась за местом жительства — от слова «магула» (холм) или от названия урочища Магула.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилии, возникшей в крестьянской среде и не попавшей в дворянские родословные книги.