Фамилия Мархабулин — редкий случай, когда в основе лежит не имя или прозвище, а целое арабское приветствие. Корень здесь — «мархаба» (مرحبا), что по-арабски значит «здравствуйте», «добро пожаловать». Встречается она почти исключительно в среде татар и башкир, у которых исламские формулы приветствия нередко становились личными именами. Мужское имя Мархабулла или Мархаб — прямое заимствование из арабского, означающее «радушный», «гостеприимный»: так могли назвать долгожданного ребёнка.

Суффикс -ин указывает на русскую модель образования фамилий от основ на -а, -я. Если бы фамилия оформлялась по тюркской традиции, она звучала бы как Мархабуллин или Мархабуллов, но в данном случае носители получили фамилию через русскую канцелярию, где исходное имя Мархабула (форма с конечным гласным) дало типичный русский патроним на -ин. Это характерно для XIX — начала XX века, когда татарские и башкирские фамилии фиксировались в метриках и переписях по русскому образцу.

Другой, менее вероятный вариант — происхождение от прозвища Мархабула, которое могли дать человеку, постоянно употреблявшему слово «мархаба» в речи, то есть вежливому или словоохотливому. Но ономастика знает примеры, когда арабские приветствия становились именами (например, имя Салам — «мир»), так что версия с личным именем выглядит убедительнее.

Фамилия очень редкая. Она отсутствует в классических справочниках русских фамилий (Унбегаун, Никонов), что неудивительно: её ареал — в основном южный Урал и Зауралье, среди башкирских и татарских родов. Встречаются варианты написания Мархабуллин (с удвоенным «л»), что отражает тюркское произношение, но в паспортной записи чаще закрепился именно Мархабулин — с одним «л» и окончанием -ин.