По одной из версий, прозвище Мархиня восходит к украинскому слову «мархотка» -«махорка». Возможно, Мархиней называли курильщика. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит грузинское слово margi – «гряда». В этом случае Мархиней могли называть земледельца. Согласно еще одной гипотезе, прозвище восходит к гидрониму Марха: так называется река в Якутии. Соответственно, Мархиней могли называть человека, жившего на берегу этой реки. Наконец, нельзя исключить, что прозвище связано с итальянским словом marginare – «оставлять поля». Тогда основатель рода Мархининых мог работать в газете. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мархиня, со временем получил фамилию Мархинин.