Фамилия Маркирьева — женская форма мужской фамилии Маркирьев, которая встречается реже, чем её «близнецы» Марков и Маркелов. В основе лежит крестильное имя Маркирий — это церковная форма имени, которое в быту чаще звучало как Марк или Маркел. Маркирий — греческое имя, означающее «молот» или «посвящённый Марсу», но в русской традиции оно стало просто одним из вариантов, данным в честь святого мученика Маркирия Антиохийского.

Главная особенность фамилии — её суффикс. Форма на -ьев (-ьева) характерна для северных и центральных областей России, особенно для Вологодчины, Архангельской земли и Поволжья. Если бы фамилия образовалась в Москве или на юге, она, скорее всего, звучала бы как Маркиров или Маркирёв. Вариант с мягким знаком (-ьев) указывает на то, что в основе лежало имя или прозвище Маркирий, а не просто Маркир. В документах XVII–XVIII веков нередко путали написания: одного и того же человека могли записать и как Маркирьев, и как Маркиров, но форма на -ьев закрепилась именно за потомками тех, чьё имя в народе произносили с «ь» — Маркирий.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть от прозвища Маркира — так в некоторых говорах называли человека, который постоянно «маркировал», то есть делал пометки, метил скотину или товары. Однако эта гипотеза слабая, потому что прозвищной глагол «маркировать» вошёл в обиход поздно и не дал такого количества фамилий, как церковные имена.

Сословно Маркирьевы не были привязаны к одной группе. В переписных книгах XVIII века встречаются как крестьяне-однодворцы из Тамбовской губернии, так и мещане из Ярославля. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет — это фамилия простых людей, чьи предки носили редкое, но не забытое имя Маркирий.