Фамилия Маркишов — редкая, и её разбор показывает, как формировались русские фамилии в тех случаях, когда исходное имя или прозвище было нестандартным. В основе лежит личное имя Маркиш. Это не каноническая церковная форма (в святцах есть Марк, Маркелл, Маркиан), а народный, бытовой вариант. Уменьшительно-ласкательные суффиксы -иш- в русских именах встречаются, но реже, чем -уш- или -к-: Марк → Маркуша, Маркиш. Маркиш — это «маленький Марк» или ласковое обращение к нему. Фамилию образовали по стандартной модели: к основе Маркиш- добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Маркиша» или «из семьи Маркиша».

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Марки́шов. Это соответствует типичной акцентной схеме для фамилий на -ов, образованных от трёхсложных имён (ср. Кузьми́чов, Ильи́шов). Если бы ударным был первый слог (Ма́ркишов), это указывало бы на иной диалектный говор или искусственное происхождение, но для исконной фамилии такой вариант маловероятен.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается в архивах Воронежской, Тамбовской, Саратовской губерний. Там, в среде крестьян и однодворцев, часто использовали именно разговорные формы имён, а не полные церковные. В северных и сибирских регионах Маркишовы попадаются реже — там были распространены другие варианты от имени Марк (Марков, Маркелов, Маркин).

Стоит отметить, что фамилия Маркишов не имеет отношения к еврейской фамилии Маркиш (с ударением на первый слог), известной по поэту Перецу Маркишу. Русская фамилия Маркишов — чисто славянская по модели образования и происходит от русского имени. Встречается также вариант написания Маркишев, где суффикс -ев указывает на основу, заканчивающуюся на мягкую согласную (Маркиш). Оба варианта — однокоренные, и разница в суффиксе лишь отражает местные особенности произношения.