Фамилия Макишов встречается редко, и её корни стоит искать не в славянских именах, а в тюркских или кавказских языках. В основе лежит личное имя или прозвище Макиш. В тюркских наречиях слово «макыш» или «макиш» может означать «мелкий, крошечный» или быть уменьшительно-ласкательной формой от имени Максуд (желанный, долгожданный). На Кавказе, особенно в среде кумыков и ногайцев, подобные имена с суффиксом -ыш нередко давали младшим детям или тем, кто родился некрупным.

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Макиш добавили типичный суффикс принадлежности -ов. Такую схему массово использовали при крещении инородцев или при записи в казачьи списки: имя отца превращалось в фамилию сына. Например, если отца звали Макиш, то его дети становились Макишовыми.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России — Ставрополью, Дагестану, Астраханской области, а также к Казахстану. Это указывает на возможное происхождение предков из тюркоязычных народов или из казачьей среды, где активно смешивались славянские и степные традиции. В дореволюционных метрических книгах Макишовы изредка фиксируются среди терских казаков.

В русском языке фамилия звучит нехарактерно из-за сочетания «ки» после шипящей, что подтверждает её заимствованный характер. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Маки́шов, хотя в устной речи встречается и вариант на первый слог. В любом случае, носитель фамилии может с высокой вероятностью проследить родство по мужской линии до человека с именем Макиш, жившего в XIX — начале XX века на южных окраинах империи.