Фамилия Макишева — женская форма фамилии Макишев. В основе лежит мужское личное имя или прозвище Макиш. В русской ономастике это довольно редкая основа, и её происхождение неочевидно, что даёт простор для двух основных версий.

Первая и наиболее вероятная версия связывает фамилию с крестильным именем. Макиш могло быть народной, обиходной формой церковного имени Макарий (в переводе с греческого — «блаженный»). В русской деревне длинные имена часто сокращали: Макарий превращался в Мака, Макаша, а затем и в Макиша. Подобные переделки встречаются в фамилиях Макашев, Макашов, Макишев — все они восходят к одному источнику. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Макиша».

Вторая версия, менее распространённая, отталкивается от тюркского корня. В казахском и других тюркских языках имя Макиш (или Макис) может быть вариантом имени Маки, которое, в свою очередь, связывают с арабским «маки» — «святой», «обитатель Мекки». Однако для фамилии, распространённой преимущественно в русскоязычной среде (особенно в Поволжье и на Урале), первая версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Макишева встречается нечасто. По данным открытых источников, её носители сосредоточены в основном в центральных и южных регионах России, а также в Казахстане, что может указывать на смешанное русско-тюркское происхождение отдельных ветвей рода. В любом случае, предок носительницы этой фамилии — человек по прозвищу или имени Макиш, живший, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда фамилии на -ев активно закреплялись за крестьянскими и мещанскими семьями.