Фамилия Макишев — редкая и с точки зрения словообразования неоднозначная. В ней легко угадывается тюркская основа, но какой именно корень лёг в прозвище — вопрос открытый.

Самая вероятная версия — от тюркского мужского имени Макиш. В казахском, татарском и башкирском языках имя Макиш (или Макис) — одна из форм арабского Имам, но с местным фонетическим изменением. Встречается и значение «крепкий, устойчивый», что могло стать личным прозвищем. Суффикс -ев указывает на русскую модель образования: Макиш + -ев = «сын Макиша» или «принадлежащий Макишу». Фамилии на -ев характерны для регионов, где русское население долго соседствовало с тюркским: Поволжье, Урал, Западная Сибирь.

Вторая, менее популярная версия — от казахского слова «мақыш» (нечто мелкое, крошка). Вряд ли такое прозвище было бы распространённым, но полностью исключать его нельзя: прозвища давали и по внешности, и по характеру. Однако в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилия Макишев не фиксируется как массовая, что говорит о её локальном бытовании.

Важно отметить, что фамилия не имеет отношения к русскому «макиш» как к чему-то мягкому или размякшему — это случайное созвучие. В дореволюционных переписях носители Макишевых встречаются в Оренбургской и Уфимской губерниях, часто среди казаков или крестьян, имевших контакты с башкирами и казахами.

Таким образом, предок человека с фамилией Макишев, скорее всего, носил тюркское имя Макиш, а сама фамилия закрепилась в среде, где русская фамильная модель наложилась на иноязычную основу.