Фамилия Малкишев — одна из тех, где исходное имя или прозвище почти полностью стерлось из памяти, а восстановить его можно только через словообразовательный и исторический анализ. Основа здесь — Малкиш, что с высокой вероятностью является вариантом имени Малкуш восточного происхождения.

Разбираем имя Малкуш: оно составное, из двух тюркских корней. Первый — «мал», то есть «скот». На Востоке скот веками был главным мерилом достатка: чем больше отара или табун, тем весомее положение человека. Поэтому корень «мал» часто входил в имена-пожелания — родители надеялись, что ребенок вырастет богатым и благополучным. Второй компонент — «куш» (или «кош») — означает «птица». Получается сочетание «скот-птица», что на первый взгляд кажется странным, но в тюркской ономастике такие пары не редкость: они обозначали полноту хозяйства, обилие всего — и на земле, и в небе.

Имя Малкуш (и его фонетический вариант Малкиш) бытовало в среде татар, башкир и других тюркоязычных народов, а затем, через смешанные браки или соседство, перешло в русскую среду. Русская фамилия образовалась по стандартной модели: к основе Малкиш добавили притяжательный суффикс -ев (после шипящего «ш» пишется «ев», а не «ов»). Так «Малкишев» буквально означает «сын Малкиша» или «потомок Малкиша».

Суффикс -ев указывает, что фамилия сложилась в центральных и южнорусских регионах, где эта модель была распространена. Если бы фамилия закрепилась на Русском Севере или в Сибири, мог бы появиться вариант Малкишев с другим окончанием, но тут всё стандартно.

Встречается ли фамилия сегодня за пределами России? Да, единичные носители есть в Казахстане и Узбекистане — как раз в тех местах, где тюркские имена с корнем «мал» были обычны. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется массово, что говорит о её относительно позднем оформлении: скорее всего, Малкишевы — это потомки крестьян или посадских людей, получивших фамилию уже после отмены местничества, в XVIII–XIX веках.

Других версий происхождения, заслуживающих серьёзного внимания, нет. Соблазнительно связать Малкишева с «мальчиком» или «малышом», но тогда суффикс был бы -ов (Малышев, Мальчиков), а не -ев, да и корень «мал» в славянских языках даёт фамилии иного звучания. Так что тюркская версия остаётся единственной непротиворечивой.