Вероятно, фамилия Малкишев образована от имени Малкиш, которое является вариантом имени Малкуш. Оно, в свою очередь, состоит из двух компонентов: тюркского слова «мал» - «скот» и «куш» - «птица». Следует отметить, что на Востоке скот всегда был мерилом богатства, благосостояния. Считалось, что чем больше стадо скота, тем богаче человек. Поэтому имена, содержащие компонент «мал» давались детям с пожеланием богатства в будущем. Таким образом, потомок человека, которого звали Малкиш, со временем получил фамилию Малкишев.