Фамилия Мелкишев — редкий случай, когда исходное прозвище не лежит на поверхности. В ней нет привычного «профессионального» корня, как у Кузнецовых или Плотниковых, а основа звучит как загадка.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Мелкиш. Логичнее всего связать его с прилагательным «мелкий» — не в смысле маленького роста, а в переносном значении. В северных и сибирских говорах «мелким» могли назвать небогатого, зависимого человека, а в некоторых диалектах — мелочного, придирчивого. Такое прозвище давали либо крестьянину с небольшим наделом, либо человеку с соответствующим характером.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «мелкеш» (мелькать, мерцать). В таком случае прозвище мог получить проворный, быстрый или суетливый человек. Однако для русской фамилии такая этимология менее типична, и первая версия выглядит убедительнее.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мелкишев — сын Мелкиша. Модель образования стандартная для русских фамилий XIX века. Интересно, что фамилия практически не встречается за пределами России и имеет точечное распространение — в основном в Поволжье и на Урале. Это говорит о том, что родоначальник был человеком оседлым, и фамилия не разошлась широко по стране.

В документах встречаются варианты написания — Мелкишев и изредка Мелкешев. Путаница могла возникнуть из-за «акающего» произношения. Но основная форма устойчива: двойное «ш» в суффиксе — не ошибка, а результат сращения корня с фамильным суффиксом.