Фамилия Макышева — женская форма, а её основа мужская — Макышев. Разговор о ней стоит начать не с корня, а со спорного суффикса и географической привязки, потому что именно в них скрыта главная загадка.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Подавляющее большинство русских фамилий на -ов/-ев образовано от основ на твёрдый или мягкий согласный: Кузнецов, Королёв. Основа «Макыш» оканчивается на шипящий, что само по себе редкость. В классической русской ономастике (по наблюдениям Б. Унбегауна) фамилии на -ышев обычно восходят к прозвищам или именам с суффиксом -ыш: Малыш — Малышев, Голыш — Голышев. Здесь же мы видим «Мак-ышев», где корень «Мак-» может быть усечением от имени Макар или Максим, а суффикс -ыш указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму: Макар → Макарыш → Макыш.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «макыш» или «макыс» может означать «крепкий», «устойчивый» либо быть вариантом имени Максут («цель», «намерение»). Учитывая, что фамилия Макышев встречается преимущественно в Поволжье и на Южном Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, — тюркское происхождение основы выглядит даже более вероятным, чем русское уменьшительное от Макара. Русские фамилии на -ышев от тюркских корней — явление известное: Алышев, Булышев.

Таким образом, предок носительницы фамилии Макышева мог быть либо русским крестьянином, которого в быту звали Макыш (от Макара или Максима), либо человеком из тюркской среды, носившим имя или прозвище Макыш. Суффикс -ев в данном случае присоединился по фонетическому принципу: после шипящего «ш» в русской письменной традиции пишется -ев, а не -ов (сравните: Григорьев, но Кузьмичёв). Второй вариант — тюркский — подкрепляется ареалом бытования фамилии, который заметно смещён к востоку от Москвы.