Фамилия Маркишева — женская форма фамилии Маркишев. В основе лежит имя или прозвище Маркиш. Скорее всего, это некалендарная, обиходная форма крестильного имени Марк. В русской традиции такие усечённые варианты с суффиксом -иш (как Демиш, Кузмиш, Фомиш) встречаются реже, чем более привычные -к- (Марко, Маркуша), но именно они указывают на определённую речевую среду: возможно, на южнорусские или украинские говоры, где суффикс -иш мог придавать имени оттенок уменьшительности или, наоборот, пренебрежительности. Впрочем, не исключён и иной путь: прозвище Маркиш могли дать человеку, чем-то напоминавшему маркиша — старинное название маркиза (французский титул). В русском языке XVIII–XIX веков слово «маркиш» фиксируется в значении «щеголь, франт, человек с претензией на аристократизм». Такое прозвище могли дать либо в насмешку, либо, наоборот, за манеру одеваться.

Суффикс -ев в фамилии указывает на принадлежность: Маркишев — сын Маркиша. Поскольку фамилия образована от прозвища, а не от церковного имени в его полной форме, её носители в прошлом, скорее всего, относились к крестьянской или мещанской среде. Дворянские фамилии обычно образовывали от полных канонических имён (Марков), а Маркишев — случай более демократичный, бытовой. Географически фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда, что типично для фамилий, возникших из прозвищ, а не из названий сёл.

Обратите внимание: фамилию Маркишева не стоит путать с Маркишевской (от топонима Маркишево) или с Маркиш (еврейская фамилия, восходящая к имени Мордехай). Русский корень здесь — именно Марк, а не библейский Мардохей.