Фамилия Маркобрунов — редкий пример двухкорневого образования, где в основе лежит не прозвище, а соединение имени и фамильного признака. Первая часть, «Марко», — это форма крестильного имени Марк (от латинского Marcus, предположительно «молот»). Вторая часть, «брун», явно восходит к немецкому или еврейскому корню, означающему «коричневый» или «бурый» (ср. немецкое braun). Таким образом, фамилия могла возникнуть в среде смешанного населения, где славянские и немецкие элементы переплетались: например, в Прибалтике, на Волыни или в черте оседлости, где еврейские фамилии часто калькировали немецкие слова.

Словообразовательная модель нестандартна. Обычно русские фамилии на -ов образуются от одного корня (Марков, Брунов), но здесь два корня сращены в одну основу, что характерно скорее для немецких или польских составных фамилий (Маркобраун, Маркбрун). Суффикс -ов указывает на русскую адаптацию: фамилию «обрусили», добавив типичное окончание притяжательности. По сути, предок носителя мог зваться Марк Брун (или Марко Брун) — то есть Марк по имени и «Коричневый» по прозвищу или по фамилии отца.

Вероятно, первоначально фамилия бытовала в западнорусских губерниях или в среде еврейского населения, которое при переходе на русский язык переделывало свои составные фамилии на славянский лад. Вторая версия, менее правдоподобная, — что «брун» это искажённое «брон» (от «броня»), но тогда логичнее было бы Маркобронов, а не Маркобрунов. Учитывая, что фамилия встречается крайне редко, её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы — например, из бывших черниговских или киевских местечек, где немецкие влияния смешивались с украинскими.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону России, но в дореволюционных записях её можно встретить среди мещан и купцов западных губерний. Известных исторических деятелей с такой фамилией нет, что типично для редких составных фамилий, которые не успели «растиражироваться» через дворянские роды или массовую миграцию. Если вы носитель фамилии Маркобрунов, ваши предки с высокой вероятностью были людьми, жившими на стыке культур — славянской и германской, и фамилия закрепилась за ними как прозвище по имени и цвету волос или одежды.