Фамилия Маркобрнов — редкая, составная и, скорее всего, искусственного происхождения. В ней нет ни одного из типичных для русских фамилий суффиксов (-ов, -ев, -ин, -ский), которые присоединялись бы к прозвищу или имени. Вместо этого перед нами конструкция, собранная из двух самостоятельных частей: «Марко» и «брн».

Первая часть, «Марко», — это либо южнославянская, либо итальянская форма имени Марк (от латинского Marcus, предположительно «посвящённый богу Марсу» или «молоток»). В русской традиции имя Марк бытовало, но в форме «Марко» оно встречается реже, чаще у сербов, болгар или украинцев. Вторая часть — «брн» — почти наверняка является усечением от «Брнов» (чешский город Брно) или от фамилии Брнов. Таким образом, Маркобрнов может означать «Марко из Брна» или «Марко, имеющий отношение к Брнову».

Скорее всего, фамилия появилась не в крестьянской среде, а в среде духовенства или городской интеллигенции. В XIX веке семинаристы нередко получали фамилии по географическим названиям или путём сложения основ: например, Цветаев (от «цвет»), Сперанский (от лат. spero — «надеюсь»), а также составные вроде Добролюбов или Миролюбов. Маркобрнов могла возникнуть как «кабинетная» фамилия, придуманная для ученика духовной семинарии, которого записали по имени Марко и городу Брно — возможно, в честь миссионерской деятельности или учёбы в этом городе.

Если же фамилия сложилась стихийно, а не искусственно, то она могла появиться у переселенцев: человек по имени Марко приехал из Брна (или из местности, называемой Брново) и получил прозвище Марко-брновец, которое затем превратилось в фамилию. Но такой путь маловероятен для русской среды — скорее, это поздняя книжная или польско-чешская по происхождению фамилия, осевшая в западных губерниях Российской империи.

Сегодня фамилия Маркобрнов встречается крайне редко. В открытых базах данных и телефонных справочниках она практически не фиксируется, что подтверждает её элитарное или случайное происхождение. Если вы носите эту фамилию, ваши предки почти наверняка были грамотными людьми, возможно, связанными с церковью или учебой в Европе.