Фамилия Маркувенус — редкий случай, когда мы почти наверняка можем определить не только корень, но и точную географию происхождения. В отличие от большинства русских фамилий, оканчивающихся на -ов, -ин или -ский, эта имеет латинизированный суффикс -ус, что сразу выдает её книжное, искусственное происхождение.

Основа фамилии — имя Марк (от латинского Marcus, предположительно «посвящённый богу Марсу»). В русской традиции от имени Марк образовались фамилии Марков, Маркин, Маркелов. Но Маркувенус — это не народная форма, а семинарская. В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали фамилии, переделывая их на латинский манер. Маркувенус — это латинизированное отчество от Марк с добавлением суффикса -венус (по аналогии с латинскими прилагательными или причастиями, означающими «принадлежащий»). Дословно фамилию можно перевести как «Марков сын», но поданный как латинское слово.

Географически фамилия почти наверняка привязана к западнорусским или украинским землям, входившим в Речь Посполитую, где влияние латыни в католических и униатских семинариях было особенно сильным. В центральной России такую фамилию дали бы реже, там предпочитали русифицированные варианты вроде Марковского.

Носитель фамилии Маркувенус — почти стопроцентно потомок выходца из духовного сословия: священника, дьякона или псаломщика, получившего звучную фамилию при поступлении в семинарию. В крестьянской или купеческой среде такие искусственные латинизированные формы практически не встречались. Встречаются единичные варианты написания — Маркувенус, Маркувенусов, но исходная форма без приращения -ов более архаична и точнее указывает на происхождение.