Фамилия Марнауза — редкий пример, когда географическое происхождение прослеживается почти документально. Она напрямую связана с названием бывшего лифляндского города Марнауз, который находился на территории современной Северной Латвии и Южной Эстонии. В XVII веке этот город вошёл в состав Российского государства по условиям мирного договора со Швецией. В том же договоре за Россией закреплялись Кокенгаузен, Нейгаузен (Вастеселинна), Юрьев (Тарту), Мариенборг (Алуксне), Анзель (Антела), Сыренск (Васкинарва), деревня Яма на левом берегу реки Наровы, Динабург (Даугавпилс), Режица (Резекне), Лютин (Лудзу) и Марнауз (Улех). Таким образом, фамилия образована не от прозвища или имени, а от топонима — названия места, где жил или откуда был родом основатель рода.

Само название города Марнауз, скорее всего, восходит к эстонскому прилагательному «morn» — «пасмурный, туманный, угрюмый, хмурый». Такая версия выглядит правдоподобной, если учесть прибалтийский климат и ландшафт. Интересно, что похожие корни встречаются и в славянских языках: сравните польское «marny» — «скверный, худой, чахлый». Это совпадение не случайно: балтийские и славянские языки имеют общие индоевропейские истоки, и в обоих случаях слово передаёт нечто неприглядное или унылое. Вероятно, местность, где располагался Марнауз, не отличалась богатой растительностью и хорошей погодой — отсюда и такое название.

Фамилия Марнауза сохранила в себе архаичную форму. В отличие от массовых русских фамилий на -ов или -ин, она не получила типичного суффикса принадлежности. Это указывает на то, что её носители, скорее всего, были выходцами из Прибалтики, возможно, из остзейских немцев или латышей, которые переселились в центральные губернии России. В дворянских или купеческих списках эта фамилия не встречается — чаще всего такие «географические» фамилии носили мещане, крестьяне или отставные солдаты, получившие прозвище по месту прежнего жительства. Сегодня фамилия Марнауза остаётся очень редкой, но её корни уходят в конкретную точку на карте — маленький город, который когда-то фигурировал в международном договоре.