Фамилия Марзаутов — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, стоит отвлечься от привычной славянской лексики и присмотреться к тюркским языкам. Основа «марзаут» (или «марзаут») скорее всего восходит к тюркскому слову «марза» или «марзан» — так в некоторых диалектах называли человека упрямого, своенравного, либо того, кто «лезет поперёк», нарушает порядок. Суффикс «-ут» в тюркских именованиях мог указывать на обладание качеством (сродни русскому «-ач»). Таким образом, прозвище Марзаут могли дать человеку с тяжёлым, неуступчивым характером.

Фамилию оформил русский патронимический суффикс «-ов», который в XVI–XVII веках закрепился за многими нерусскими родами, перешедшими на службу Московскому государству. Это типичная модель для татарских, башкирских, ногайских фамилий, адаптированных в русской среде: основа теряла тюркское окончание и получала славянский формант. Сравните с фамилиями Беркутов, Ардашев, Уразов — механизм тот же.

География фамилии сегодня неширокая, но красноречивая. Марзаутовы встречаются в Оренбургской области, Башкортостане, Татарстане — то есть в зоне исторического расселения тюркских народов и казачества. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской губернии попадаются казаки Марзаутовы, что косвенно указывает на возможную принадлежность предков к яицкому или оренбургскому казачьему войску. Тюркское прозвище не мешало им быть православными — в XVIII–XIX веках многие служилые татары и башкиры принимали крещение, оставляя фамилию как память о роде.

Версия о том, что «марзаут» — искажённое немецкое или кавказское имя, маловероятна: ни в одной из европейских или горских систем нет антропонима, который бы при суффиксации дал такую форму. Поэтому наиболее убедительным остаётся тюркский след с семантикой «упрямец», «своевольный». Носитель фамилии может считать, что его предок был человеком с характером — неудобным для начальства, но цепким в бою или деле.