Фамилия Машохин образована по продуктивной русской модели через суффикс -ин, который указывает на принадлежность к отцу или главе семьи: «чей?» — Машохин. Основа здесь — краткая форма имени или прозвища Машоха. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс и посмотреть, что осталось.

Машоха — это народная, обиходная форма крестильного имени Матфей (в русском быту часто звучало как Матвей). Имя через цепочку уменьшительных вариантов (Матюха, Матюша, Матя) могло дать форму Маша, а от неё — Машоха, с характерным для южнорусских и украинских говоров суффиксом -ох-. Подобные модели известны: от имени Павел — Пашоха, от Степан — Стешоха. Таким образом, Машохин буквально означает «сын или потомок Машохи», то есть Матвея.

Есть и другая, менее распространённая версия. В диалектах слово «машок» (родственное «махать») могло означать нечто легковесное, несерьёзное — так могли прозвать суетливого или непостоянного человека. Тогда Машоха — женская или ласкательная форма от «машок», а фамилия пошла от прозвища, а не от имени. Однако первая версия выглядит убедительнее: прозвищная основа с суффиксом -ох- для русских фамилий нетипична, а вот как уменьшительная форма имени — встречается.

Географически фамилия Машохин тяготеет к югу России и украинским регионам. В старых переписных книгах, например, по Воронежской и Курской губерниям, встречаются носители фамилии среди крестьян и однодворцев. Именно в этих местах были распространены формы имён на -оха. Фамилия редкая, не массовая, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, от одного конкретного человека по имени Машоха, чьи потомки разошлись по окрестным сёлам.