Фамилия Машоха — редкий случай, когда исходное слово сохранилось почти без изменений. В основе лежит украинское или южнорусское прозвище «машоха» — так в некоторых говорах называли мачеху. Слово образовано от «махати» (махать, размахивать) с суффиксом -ох-, но в бытовом языке закрепилось именно за женщиной, которая «машет», то есть распоряжается, командует в доме, часто — не родная мать. Прозвище могли дать либо властной женщине, либо, наоборот, вдовцу, женившемуся повторно, — его так и звали «Машоха» по новой жене.

Суффикс -а в финале указывает, что фамилия застыла в форме прозвища без типичных русских окончаний -ов/-ев или -ин. Это характерно для украинской ономастики: в Украине и на юге России фамилии нередко оставляли «голыми», без притяжательных суффиксов. Машоха — из той же модели, что Бондаря, Швеца или Коваля, только с женским родом в основе.

Вторая версия, менее вероятная, — от диалектного «машок» (мешок, кисет) через уменьшительную форму. Тогда Машоха могло быть прозвищем торговца или человека, носившего мешок за плечами. Но против этого говорит устойчивость формы: «машоха» как «мачеха» фиксируется в словарях украинских говоров, а «машок» дал бы скорее Машков или Машок.

Географически фамилия тяготеет к Черниговской, Полтавской и Харьковской областям, встречается и в приграничных районах России. В переписях XIX века Машоха — крестьянская фамилия, без дворянских ветвей. Носители были либо казаками, либо государственными крестьянами, и прозвище закрепилось как родовое имя без дополнительных суффиксов — редкий случай, когда семейное прозвание не успело «обрусеть».