Фамилию Матоха обычно выводят из украинского или белорусского варианта имени Матвей — Матюха, Матоха. Если в русском языке имя Матвей дало фамилии Матвеев, Матюшин, то в говорах, где «ё» переходило в «о», а «ю» редуцировалось, появилась форма Матоха. Суффикс -ха в восточнославянских фамилиях типичен для прозвищ и неофициальных имён (Стеха, Васяха, Митроха), так что Матоха — это, скорее всего, не фамилия изначально, а бытовое именование человека по имени Матвей.

Менее распространённая версия связывает фамилию с диалектным словом «матоха» — так в некоторых областях называли неуклюжего, медлительного человека или, наоборот, того, кто «мается», то есть долго возится с делом. В этом случае фамилия происходит не от имени, а от прозвища, которое закрепилось за родоначальником. Но поскольку прозвище Матоха встречается реже, чем имя Матвей в народной форме, первая версия выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, сосредоточена в основном на западе России и в восточных регионах Украины. Встречается также в Беларуси. По модели образования она близка к фамилиям Матюха, Матюхин, но отличается именно огласовкой «о» вместо «ю», что может указывать на местный говор или на то, что фамилия писалась «на слух» при переписях.

В дореволюционных документах Матоха могла фиксироваться и как самостоятельная фамилия, и как прозвище, которое потом переходило в фамилию с суффиксом -ин (Матохин). Второй вариант встречается чаще, но и форма без суффикса — Матоха — не редкость, особенно на Украине, где фамилии без окончаний типичны (Шевченко, Коваль, Матоха).

Социальный состав носителей фамилии в прошлом — в основном крестьяне и казаки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В современной России фамилия Матоха остаётся малочисленной, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если она встречается в вашем роду, скорее всего, предки происходят из западнорусских или украинских земель.