Фамилия Матохин образована от просторечной формы старинного русского имени Матвей — Матоха. Если отбросить суффикс -ин, указывающий на принадлежность («сын такого-то»), в основе остаётся именно это ласковое или обиходное прозвище. Имя Матвей, в свою очередь, восходит к древнееврейскому Маттитьяху и переводится как «дар Яхве» или «человек Божий».

В старину имя Матвей было особенно распространено среди крестьян и посадского люда, поэтому и его просторечные варианты — Матоха, Матюха, Матоня — встречались сплошь и рядом. От этих уменьшительных форм по одной и той же модели появились и родственные фамилии: Матюхин, Матонин, Матюшин. Фамилия Матохин, таким образом, стоит в одном ряду с ними, но сохранила более архаичное звучание.

О том, насколько имя было в ходу у простого народа, говорит и фольклор. До революции в трактирах нередко висели лубочные картинки с подписью: «Пляши, Матвей, не жалей лаптей!» — изображение захмелевшего молодца. Эта бытовая деталь хорошо передаёт ту среду, где имя Матоха звучало естественно и привычно.

Среди носителей фамилии есть и публичные фигуры, например гитарист Сергей Матохин. Но в целом фамилия не принадлежала какому-то одному сословию: её носили и крестьяне, и мещане, и служилые люди — везде, где было распространено имя Матвей.

Стоит добавить, что фамилия Матохин встречается в разных регионах России, но чаще всего в центральных и южных губерниях, где имя Матвей традиционно пользовалось особой любовью. Со временем потомки человека по прозвищу Матоха унаследовали его как родовое имя, и сегодня фамилия звучит как память о предке, носившем библейское имя в его простонародном, тёплом варианте.