Фамилия Масколиунас звучит как пришелец из другого языка, и это действительно так: перед нами литовская фамилия, записанная в русской транскрипции. Её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдает происхождение. Окончание «-ас» (в исходной форме — «-as») — типичный маркер мужского рода в литовском языке, почти аналог русского «-ов» или «-ин». В Литве фамилии на «-ас» носят мужчины, а женские варианты образуются с помощью суффиксов «-ене» (замужняя) или «-уте» (дочь).

Основа фамилии — «Масколис» (Maskolis). Это, скорее всего, прозвище или производное от литовского слова. Самая правдоподобная версия связывает её с глаголом maskuoti — «маскировать», «прятать». В таком случае прозвище Maskolis могли дать человеку скрытному, нелюдимому или тому, кто умел хорошо прятаться. Менее вероятная, но возможная гипотеза — связь с названием населённого пункта. В Литве есть несколько мест с корнем «Mask-» (например, Маскяляй), и фамилия могла возникнуть как указание на выходца оттуда: «тот, кто из Масколиса».

Обратите внимание на написание: в русском языке фамилия передана с окончанием «-унас», а не «-ас». Это особенность адаптации: в XIX — начале XX века литовские фамилии часто русифицировали, добавляя к основе суффикс «-унас» или меняя окончание на «-ус». В самой Литве фамилия выглядит как Maskoliūnas. Форма с «-ūnas» указывает на принадлежность или происхождение: буквально «сын Масколиса» или «потомок того, кого звали Масколис». То есть фамилия могла изначально быть отчеством.

Социальный контекст тоже важен. Массово литовские фамилии закрепились за крестьянами после отмены крепостного права в XIX веке. Масколиунас — не шляхетская, не дворянская фамилия. Её носители, скорее всего, были крестьянами или мелкими ремесленниками из северо-западных губерний Российской империи (Ковенской, Виленской, Сувалкской), где жили литовцы. Сейчас эта фамилия встречается и в Литве, и в России, и в других странах бывшего СССР, куда предки могли переехать в советское время.

Коротко: корень — от прозвища «маскировщик» или от названия местности, суффикс — литовский патронимический «-ūnas», окончание — мужской род. Искать однокоренные русские фамилии бесполезно — это чисто литовская ономастическая модель.