Фамилия Матолина, скорее всего, женская форма от Матолин, но в русской традиции фамилии на -ин часто не меняли форму для женщин, поэтому Матолина могла быть и исходной фамилией для обоих полов в некоторых регионах. Основа — «Матоля» или «Мато́ля». Это могло быть просторечное, бытовое сокращение от крестильного имени Матвей (через форму Матюха → Матюля → Матоля). Такой путь характерен для русских фамилий: полное имя редко становилось прозвищем, а уменьшительные формы — постоянно.

Но есть и вторая версия, более редкая и интересная. В южнорусских и украинских говорах «матоля» — это диалектное слово, означавшее «разиня», «ротозей» или, наоборот, «неповоротливый человек». Если предок получил такое прозвище за медлительность или рассеянность, фамилия закрепилась по этой черте. Спор между версиями решается просто: имя Матвей было распространено повсеместно, и фамилии от него — Матвеев, Матюшин, Матюхин — встречаются часто. Матолин — вариант от той же основы, но с другим уменьшительным суффиксом (-ол- вместо -юх- или -юш-). Версия с прозвищем правдоподобна только в том случае, если фамилия бытует в узком ареале, где слово «матоля» действительно употреблялось. Без географической привязки надёжнее считать её отчеством от домашнего имени.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Матолин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Матоля. Такая модель — одна из древнейших в русской ономастике, она фиксирует родство по отцу. Фамилия не дворянская и не купеческая по происхождению: скорее всего, её носили крестьяне или посадские люди центральной России, где имя Матвей было в ходу. В переписях XIX века Матолины встречаются в Тверской, Смоленской и Рязанской губерниях — это подтверждает связь с русским Северо-Западом и Центром.

Редкость фамилии объясняется тем, что форма «Матоля» не стала такой же популярной, как «Матюха» или «Матюша». Поэтому Матолины — немногочисленный род, чья фамилия сохранила непривычное на слух, но логичное для диалекта звучание. Если вы ищете предков, стоит проверить исповедные ведомости и ревизские сказки именно по Тверской и Смоленской губерниям — там шанс найти Матолиных выше, чем где-либо ещё.