Фамилия Матыненко — яркий пример украинской модели фамильного суффикса -енко. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые указывали на принадлежность отцу («чей сын?»), украинские фамилии на -енко буквально означали «маленький», «сын такого-то». Таким образом, Матыненко — это «сын Матыны» или «потомок Матыны». Суффикс -енко в XVII–XVIII веках стал массовым на Левобережной и Слободской Украине, поэтому фамилия прочно связана с этим регионом.

Основа фамилии — имя или прозвище Матына. Скорее всего, это производная форма от канонического имени Матвей (через промежуточные варианты Матюта, Матыня). В украинской народной традиции часто усекали и смягчали полные имена: Матына — ласкательное обращение к Матвею, подобно тому как от Ивана получали Иваненко, от Петра — Петренко. Матвей в переводе с древнееврейского означает «дар Яхве» (Божий дар), но в фамилии это значение уже стерлось, уступив место семейной принадлежности.

Реже, но нельзя исключать, что Матына могло быть прозвищем, образованным от глагола «матыкать» (махать, размахивать) или от диалектного слова «матыга» (мотыга, орудие для рыхления земли). В таком случае прозвище мог получить земледелец или человек с характерной манерой движения. Однако версия с именем Матвей выглядит гораздо убедительнее, поскольку фамилии на -енко от крестильных имен составляют основу всего массива.

Сословно фамилия Матыненко не была аристократической. В малороссийской среде фамилии на -енко носили преимущественно казаки, мещане и крестьяне. В реестрах Запорожского войска и в метрических книгах Полтавской, Черниговской, Харьковской губерний фамилия встречается регулярно, что подтверждает её массовый характер. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по падежам у мужчин (Матыненко, Матыненко, Матыненко — по аналогии с существительными на -о).