Фамилия Матысков — редкий пример, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем прозвище или имя. Она почти наверняка украинская или южнорусская, и ключ к ней — суффикс -ск- (в форме -ов). В русской традиции фамилии на -ский чаще были дворянскими или церковными, но на украинских землях, особенно на Правобережье и Слобожанщине, этот суффикс массово давали крестьянам и казакам по названию села или хутора, откуда человек родом. Матысков — это вариант фамилии Матыский или Матысько, к которому добавили русское окончание -ов при адаптации в документах.

Основа фамилии — Матыско (или Матысько). Это уменьшительная форма от крестильного имени Матвей (древнееврейское Матфей — «дар Яхве»). В украинском языке имя Матвей дало множество производных: Матыш, Матыс, Матюха, и в том числе Матысько. Суффикс -ко в украинской ономастике — один из самых частых: он образует ласкательные имена (как русское -енька), но со временем закрепился как фамильный. Фамилии на -ко (Шевченко, Коваленко) — визитная карточка Украины, и Матысков — их «обрусевший» родственник.

Версия, что фамилия могла пойти от прозвища «Матыска» (например, от диалектного глагола матыскать — «мотать, качать»), менее вероятна. Никаких устойчивых прозвищ с таким корнем в исторических словарях не зафиксировано, а имя Матвей даёт прямое и простое объяснение.

Таким образом, предок современного Матыскова, скорее всего, был украинским крестьянином или казаком, которого в метриках записали как «Матысько» — то есть «маленький Матвей» или «сын Матвея». А уже при переселении в великорусские губернии или при паспортизации в XIX веке к фамилии приросло окончание -ов, сделав её похожей на типичные русские фамилии. Встретить Матысковых можно в Белгородской, Воронежской областях и на востоке Украины — там, где веками смешивались украинское и русское население.