Фамилия Матыскин напрямую связана с именем Матвей, точнее, с его просторечной, обиходной формой — Матыска. Так в старину в разговорной речи, особенно в крестьянской и мещанской среде, могли называть человека по имени Матвей. Само имя Матвей восходит к древнееврейскому Маттитьягу и переводится как «дар Бога» или «дарованный Богом». Поэтому, если говорить просто, Матыскин — это потомок Матвея, которого в быту звали уменьшительно-ласкательно Матыской.

При этом важно понимать, как именно сложилась фамилия. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к основе «Матыск-» добавили притяжательный суффикс «-ин», который указывал на принадлежность. Первоначально Матыскин означало «чей-то сын», «чей-то человек» — то есть сын Матыски. Такая схема с суффиксом «-ин» типична для фамилий, образованных от слов, заканчивающихся на «-а» или «-я», и она широко распространена в северных и центральных регионах России.

Сама форма «Матыска» — это не случайное искажение, а живая народная традиция. В русских говорах имя Матвей нередко видоизменялось: бытовали варианты Матюха, Матюша, Матя, а также Матыска. Подобные производные формы с суффиксом «-ыск-» встречаются и у других имен, например, Ваньска или Петруська, что подчеркивает фамильярный, но не пренебрежительный оттенок. Так могли звать своего человека, соседа или родственника, и со временем это прозвище закрепилось за его детьми как фамильное имя.

Стоит отметить, что фамилия Матыскин не относится к числу дворянских или книжных. Она возникла в народной среде, где фамилии часто образовывались стихийно, от того, как человека называли в обиходе. Поэтому за фамилией стоит не герб и не родословная из летописей, а конкретный человек по имени Матвей, которого окружающие знали как Матыску. Его потомки, отвечая на вопрос «чьи вы будете?», говорили «Матыскины», и так это имя закрепилось в документах.

Спорных версий о происхождении этой фамилии практически нет. Иногда можно встретить предположение о связи с диалектным словом «матыга» (мотыга) или с глаголом «матыскать» в значении «болтать», но эти гипотезы выглядят натянутыми. Фонетически и словообразовательно гораздо логичнее выводить фамилию именно от личного имени Матвей, поскольку форма Матыска — известный и задокументированный вариант этого имени в народной традиции. Слабая версия с орудием труда не выдерживает критики: суффикс «-ин» в этом случае дал бы фамилию от прозвища, но таких прозвищ в источниках не зафиксировано.