Фамилия Матюнен образована от уменьшительной формы Матюня, которая в народной традиции заменяла полное крестильное имя Матвей. Само имя Матвей пришло из древнееврейского языка и означает «человек Божий» или «дарованный Богом». Однако фамилия говорит не о религиозном смысле, а о бытовом, домашнем прозвище: Матюней в семье и на улице звали человека по имени Матвей, и это ласковое обращение со временем закрепилось за его потомками.

Словообразовательная модель здесь не совсем обычная для русских фамилий. Суффикс -ен в форме Матюнен встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Такое окончание характерно для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -енко, -евич и -ен распространены шире. Поэтому можно предположить, что корни рода уходят в юго-западные земли, а уже позже носители фамилии оказались в русскоязычной среде. Впрочем, возможен и другой путь: на Русском Севере и в некоторых областях, граничивших с Литвой и Польшей, тоже встречались фамилии с усечённым суффиксальным элементом, где -ен выступал как упрощённый вариант от -енко или -ёнок.

Основатель рода, судя по всему, не принадлежал к знати. Уменьшительные имена с суффиксом -юн-, -ун- чаще давали в рабочей, крестьянской или ремесленной среде, где полное церковное имя в быту заменяли коротким и удобным. Матюня — это не официальное, а обиходное имя, которое могло закрепиться за человеком в переписи или приказной записи, если он сам так себя называл или так его записали соседи. Таким образом, фамилия Матюнен указывает на потомка того самого Матюни, человека из простонародья, чья память сохранилась в родовом имени.

Сравните с однокоренными фамилиями: Матюнин, Матюхин, Матюшин, Матвеев. Все они восходят к тому же имени, но через разные уменьшительные формы. Матюнен выделяется именно своим окончанием, которое сразу выдаёт возможное региональное происхождение. Если Матюнины и Матвеевы встречаются повсеместно, то Матюнен — более редкая и локальная фамилия, и её носители, скорее всего, происходят из одной конкретной местности, где такая форма имени прижилась.

Точных сведений о первых упоминаниях фамилии в документах нет, и датировать появление рода сложно. Можно лишь утверждать, что фамилия сложилась не раньше XVI–XVII веков, когда у русских, украинцев и белорусов начали массово фиксироваться наследственные прозвания. До этого времени Матюня оставался бы личным прозвищем, не передаваемым по наследству.