Матюня – уменьшительная форма крестильного мужского имени Матвей, которое в переводе с древнееврейского означает «человек Божий». Скорее всего, основатель рода Матюниных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Матюня, со временем получил фамилию Матюнина.